Templo Hakurei

Es un templo Sintoista que se encuentra en las montañas de Oriente, aislado de la sociedad. El santuario es el hogar de Reimu Hakurei. También es al parecer un lugar de reunión popular para todas las otras chicas que Reimu y compañía derrotaron a lo largo del tiempo. Detrás del mismo hay un bosque de cerezos, que es un lugar muy visitado en primavera.

Villa Humana

Es donde la mayoría de los seres humanos Gensokyo viven. Sin embargo algunos youkai también la visitan para hacer compras. Es muy conocido que este lugar es el más seguro para vivir en Gensokyo. Los seres humanos del mundo exterior que tropiezan en Gensokyo y deciden quedarse a menudo no tienen más remedio que vivir aquí, ya que serían incapaces de manejar a los youkai que viven fuera del pueblo. Este a su vez esta protegido por la poderosa Keine Kamishirasawa. Un lugar reconocido aquí es la Nave Palanquín, renombrada como Templo Myouren
Palacio de Sueños, Gran Mausoleo

Bosque de Bambú

Se encuentra en la dirección opuesta a la Montaña Youkai, en los alrededores de la aldea humana.En su interior se encuentra la mansión Eientei. No hay claros allí, el terreno es plano e indistinguible, el bambú crece en diagonal, cada bambú es igual al otro por lo cual aveces, conjunto a su extensión, provoca que muchos se pierdan al recorrerlo.
Eientei

Bosque de la Magia

Es un punto focal para todas las cosas malignas, malas, y repulsivas. Es un lugar cuya naturaleza esta nublada por extraños rumores y raros sucesos. Una vez que se ve más allá de las plantas carnívoras y el inevitable y horrible infortunio que seguramente caerá sobre todos los que piensen en cruzar dentro del bosque, se descubre que también es un buen lugar para vivir para las personas que no les gusta ser molestadas.
Casa de Marisa, Casa de Alice, Kourindou

Campo de Girasoles

Campo enorme de flores, donde destacan principalmente los Girasoles. Flores anormales, demasiado gigantes algunas, mientras que otras conservan el tamaño común de este tipo de planta. Lleno de polen en el aire, brillante, hermoso y reluciente, es también uno de los lugares más peligrosos que existe. Solo algunas personas tienen suerte de salir ilesos de este lugar, mientras que otros apenas tienen suerte de salir. Siendo propiedad de Yuuka Kazami, se puede acceder al Mugenkan desde este lugar.
Mugenkan